O 3º artigo do decreto informa que caberá ainda ao Ministério da Agricultura (MAPA) o diálogo com o Ministério do Meio Ambiente para garantir o uso sustentável do recurso pesqueiro, com base em dados estatísticos. O MAPA também ficou responsável pela articulação com o Ministério das Relação Exteriores para defender os interesses nacionais no setor.
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Pressão política
A mudança de ministérios teria sido provocada por pressão do PRB, interessado na gestão do setor, sobre o presidente Michel Temer (PMDB). A pesca industrial e artesanal recebem a alteração com ressalvas: a mudança ocorre no momento em que, após mais de um ano de dificuldades de gestão junto ao MAPA, o setor pesqueiro voltava a caminhar em Brasília.
Em dezembro de 2016 e janeiro deste ano, o ministro da Agricultura, Blairo Maggi, esteve em Itajaí e se reuniu com empresários da pesca, que tiveram uma boa impressão do ministro. Maggi anunciou intenção de retomar estatísticas e agilizou processos, liberando os escritórios estaduais a cuidarem da emissão das licenças. Ações que vinham sendo muito bem vistas pela pesca.
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Há preocupação de que a mudança leve a uma nova desestruturação do setor, o que pode ser catastrófico para os negócios especialmente em Itajaí, que detém o maior polo pesqueiro do país.