O acervo do Museu Nacional do Mar está organizado em 18 salas divididas por temas. Entre as peças disponíveis à visitação do público, estão mais de 91 barcos em tamanho natural, cerca de 150 peças de modelismo e artesanato naval e a Coleção Alves Câmara, do século XXI (reprodução da coleção original que se encontra no espaço cultural da Marinha, no Rio de Janeiro).
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O acervo conta ainda com traineiras, botes, jangadas (de cinco paus e de tábuas), saveiros da Bahia e o cúter do Maranhão. Na sala dedicada ao navegador Amyr Klink, famoso por várias expedições, entre elas a travessia a remo do Atlântico Sul (1984), está disponível à visitação a canoa que ele ganhou quando criança. Seu barco IAT, usado na travessia de 1984 e que ficou em exposição no museu, foi levado para restauro e, no momento, não integra a mostra.
Museu Nacional do Mar, de São Francisco do Sul, não tem alvará de funcionamento ativo, constata MP