Com a homologação da Chapecoense como campeã da Copa Sul Americana 2016 pela CONMEBOL e a consequente participação inédita da equipe catarinense na Copa Libertadores da América 2017, e respeitando o critério técnico da classificação do Campeonato Catarinense Série A 2016, o Brusque, 5º colocado, ingressa como o sexto representante catarinense na maior competição interclubes do país, a Copa do Brasil 2017.
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Pelo segundo ano consecutivo Santa Catarina terá seis participantes na competição. A Chape participa pelo critério 1, como um dois oito clubes brasileiros da Copa Libertadores da América 2017. Brusque, Criciúma, Figueirense e Joinville, participam pelo Critério 2, das competições estaduais. O Avaí ingressa pelo critério 3, Clubes do Ranking Nacional, como 24º colocado.
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