A descoberta dos fósseis no interior do Paraná no início dessa década remetem ao que ocorreu em Mafra no fim dos anos 1990, já que, após o apoio dado pelos pesquisadores catarinenses no início, a prefeitura de Cruzeiro do Oeste já está se organizando para montar o próprio centro de paleontologia e o próprio museu, visando não só preservar o patrimônio natural encontrado em suas terras, mas também incentivar o turismo. Mas, enquanto os moradores de Cruzeiro do Oeste chegaram a construir um carro alegórico com réplica de pterossauro para o desfile do 60º aniversário da cidade para festejar as descobertas, em Mafra a notícia não foi tão bem recebida inicialmente.
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— Em 1997, o Brasil vivia uma crise econômica muito séria e a cidade precisava de empregos. Uma indústria que produzia bandagens para pneus quis se instalar no Sul do país para facilitar a distribuição para países como Argentina e estar perto do porto, e achou que Mafra era o local para isso. Para a Prefeitura, aquilo era uma redenção: uma empresa querer se instalar na cidade e oferecer centenas de empregos — recorda o geólogo Luiz Carlos Weinschütz.
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Como incentivo à instalação da empresa, a prefeitura de Mafra concedeu o terreno no Distrito Industrial e se comprometeu a fazer a terraplanagem. As escavações já chegavam ao fim quando atingiram um leito rochoso. Como não conseguiam penetrar nestas rochas, começaram a utilizar explosivos para fazer a perfuração, sem saber que elas guardavam em seu interior fósseis de animais de 280 milhões de anos. Quando estes fósseis foram expostos, as pessoas da comunidade começaram a pegar os pedaços de rocha e levá-los embora.
— Foi uma repórter do jornal A Notícia que avisou os pesquisadores do Rio Grande do Sul sobre o que estava acontecendo, iniciando uma movimentação da comunidade científica. Fósseis são considerados patrimônio da União e precisavam explicar o que fariam com aquilo — conta.
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As obras foram paralisadas e a empresa ameaçou instalar a filial em outra cidade, causando revolta na população. Pela cidade, foram colocadas faixas com mensagens como "Queremos empregos! Peixes de pedra não alimentam!”, e o assunto ganhou repercussão na imprensa nacional.
A solução foi a criação do Cenpaleo pela Universidade do Contestado (UnC), que começou com a construção de um barracão e a contratação de um paleontólogo. Atualmente, o centro de pesquisa é formado pelo coordenador, o paleontólogo João Ricetti, o geológo Everton Wilner, a bióloga Cristiane Pscheidt, uma estagiária e o voluntário Vilson Greinert. Todos os anos, estudantes da UnC e de universidades de outras cidades se voluntariam para realizar pesquisas no Cenpaleo.